En la fecha 23 le ganaría 2 a 1 a Flandría, sin embargo, empataría 0 a 0 contra Guillermo Brown en la fecha siguiente y tuvo que jugar un desempate ante Aldosivi tan solo cuatro días después, donde Almagro perdió 3 a 1. Almagro tendría que jugar el Reducido y acabó eliminado en cuartos al perder 2-0 con Agropecuario. Esta fecha fue el 12 de abril de 2008. Felip Portes asumió la presidencia del club, que en ese momento estaba prácticamente hundido. Aparte de fichajes de jugadores también se promocionaban los de la categoría juvenil, que ese año competían en la liga nacional. Aquello duró un año. En este año Nacional se coronó nuevamente como campeón de la Copa Merconorte, esta vez contra uno de sus rivales, Millonarios de Bogotá. Quedó tercero en la liga y se clasificó por primera vez en la historia en una eliminatoria de ascenso a Segunda B. Este hito sirvió para situar a Formentera en el panorama deportivo nacional y ser uno de los principales focos mediáticos de la prensa deportiva balear.
Otro hito jamás alcanzado. Aunque había posibilidades. Quedaba una plaza en Tercera que había dejado vacía el Binisalem, que paralelamente al Formentera, jugaba el ascenso a 2ª B contra el Real Madrid C y lo superó. Ahora ya sí era un equipo potente y con posibilidades de hacer grandes cosas en el fútbol. La temporada 2012-13 el Formentera era ya equipo de Tercera. La temporada 2014-15 fue una campaña histórica. Justo antes del partido, camisetas de futbol replicas con una gran bandera de la Comunidad Valenciana desplegada sobre el césped la afición bética desplazada mostró una pancarta a través de la cual mostraba su apoyo a los anfitriones. En la parte inferior está la bandera del club, que está formada por líneas diagonales (Azul y blancas) paralelas, con un balón de fútbol sobrepuesto. Para la temporada 2019-20 el FC lanzó su sexta camiseta roja especial conmemorativa de Karneval La cual fue usada ante el histórico, Bayern Múnich, está inspirada en el mapa geográfico de Colonia el cuál se divide en los 9° distritos administrativos en la parte delantera de la camiseta.
Esta vez la SD Formentera llegó aún más lejos que la temporada pasada. Pasaba a tercera ronda, que era la última para poder llegar a la siguiente categoría. En segunda ronda, el equipo de Miguel Ángel Ruíz quedó eliminado contra el Andrach. Sin embargo, la peor campaña del Manta en años se reflejó en el 2017, donde el equipo aparentemente pelearía el ascenso, sin embargo logró una pésima primera etapa, donde quedó último con 12 puntos, 8 menos que el Imbabura. La nueva directiva se encontró con el reto de revertir la inercia negativa que el Formentera había acumulado a lo largo de los últimos años. El primer gran éxito deportivo de la nueva directiva llegó a la temporada 2011-12. Se proclamó campeón de liga de Ibiza y Formentera, y volvía a jugar una eliminatoria de ascenso a Tercera División después de muchos años. Fueron unos años difíciles para el club. Además, fueron los años de mayor proyección de la SD Formentera y cuando llegaron los mayores éxitos para la entidad.
Portes, ya formaba parte de la gestora que se había hecho cargo de la entidad unos meses antes. También pasaron y formaron parte del plantel los locales Comino, Cisco Jurado, Tomaso y Paco Molina además de Sergio Gil (lesionado) y de Olmedo, Chico, Juanjo Pino, Rafa Navarro y Espejo. No había motivación por parte de los jóvenes, los aficionados apenas acudían al campo los días de partido y algunos de los entrenadores dejaron sus equipos. Además, fue el primer videojuego de la serie que contó con la aparición e interacción de entrenadores de fútbol, y con la incorporación del modo historia (The Journey), camisetas valencia cf protagonizado por el futbolista ficticio Alex Hunter. Se fichó a un nuevo entrenador para que diera más profesionalidad al proyecto deportivo, fue Luis Elcacho, exjugador de Primera División y entrenador consolidado. La primera legislatura de Portes estuvo marcada por el saneamiento de las cuentas del club y el inicio de un proyecto deportivo ambicioso para situar la SD Formentera en primera línea. En la Copa Libertadores de 1980, Nacional obtuvo su segunda conquista luego de 9 años, tras vencer al Sport Club Internacional.
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