En los penaltis del 27 de abril de 1994 en el estadio Monumental, Junior ganó 4-3. En los cuartos de final, Junior se enfrentó a Independiente Medellín ganando 2-0. En las semifinales, enfrenta al club argentino Vélez Sarsfield. Cada equipo gana un partido 2-1 por lo que el resultado global terminó 3-3. Al final, en los penaltis del 17 de agosto de 1994 en Buenos Aires, Junior fue eliminado 5-4; quedando por primera vez como semifinalista de este torneo. Y no solo bastaba con la victoria, además debía perder la S. D. Eibar en Gijón, resultado que se dió también y encima se colocó como líder de la categoría tras empatar el C. D. Leganés en Ferrol a 2. Finalmente subío como segundo clasificado tras perder en la última jornada en Tenerife y ganar su partido el C. D. Leganés. En los octavos de final se enfrenta con Colo-Colo de Santiago de Chile, terminando en un resultado global 3-3 después de que en el partido de vuelta, el Junior logró igualar en el segundo tiempo dos goles iniciales de los anfitriones.
Su entrenador, Daniel Joseph, dijo: «La actuación de Pierre es impresionante, considerando que solo tiene 18 años, tiene tremendas habilidades físicas, una disposición para correr a los defensores y tiene un largo tiempo para mejorar». O de Otegui, que no le doy más valor que el su escaño. Fue una temporada extraña, ya que a pesar de su pésima clasificación, esa temporada la Real Sociedad marcó más goles que el campeón. Dida, campeón del mundo 1958 con Brasil. En 1967, Junior logra contratar a dos campeones del mundo más un tercer jugador de la selección brasileña: Garrincha, Dida y Quarentinha. Su debut como titular fue el 14 de agosto en el Clásico del Astillero frente al Club Sport Emelec donde Barcelona ganaría siendo Díaz el mejor jugador del partido. Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano al vencer 3-2 en el partido final al América de Cali con gol sobre la hora de Oswaldo Mackenzie. En la Copa Colombia Junior quedaría eliminado en segunda fase a manos de Envigado F.C al perder 1-0 en Envigado y ganar 3-2 en Barranquilla, clasificando Envigado F.C por mayor cantidad de goles de visitante. En este torneo, Junior termina segundo con 31 puntos (uno menos que el líder Deportes Tolima), clasificando a los cuadrangulares semifinales donde queda ubicado en el grupo B junto a Deportivo Cali, Envigado F. C. y Cúcuta Deportivo, terminando líder con 9 puntos (los mismos que el Deportivo Cali que se vio perjudicado al quedar Junior en mejor posición en la fase Todos contra Todos) clasificando a la final.
Juan Carlos Delménico. En el campeonato colombiano, Junior termina líder del Torneo Apertura con 35 puntos, con los mismos puntos del segundo (Deportivo Cali). Juan Ramsay, capitán de Atlético Unión, es catalogado como “el padre del fútbol santiaguino” ya que fue el precursor de varios clubes que participaron en el primer campeonato. El 18 de junio, por los cuartos de final y tras la suspensión de Mauricio Isla, Fuenzalida juega como lateral derecho en el duelo Selección de fútbol de México, triunfo por 7-0 para los pupilos de Juan Antonio Pizzi, donde José Pedro tuvo un buen partido, camiseta naranja valencia haciendo daño por la banda derecha junto a Edson Puch. ↑ «Tabárez: «le dije a Valverde que tiene muchos años con la selección»». ↑ «Creada la federación de peñas de la U.D. ↑ «El Almería y Turki Alalshikh hacen una importante donación al Banco de Alimentos». ↑ «El Valencia CF no contempla ahora irse de Paterna». ↑ «Nadal y La Roja triunfan en los Oscar del deporte». A final de año Martín Arzuaga sale del equipo. Martín Arzuaga volvió al equipo para el segundo semestre. En los Cuadrangulares Semifinales, Junior terminó líder del grupo B con 8 puntos, uno más que el segundo Atlético Nacional, clasificando al Cuadrangular Final, en donde enfrentaría a Atlético Nacional, Deportivo Cali y América de Cali.
Nadal disputó únicamente el primer punto de la eliminatoria, venciendo a Nicolas Kiefer por 7-6, 6-0 y 6-3. El combinado español vencería por 4-1 y accedería a las semifinales, donde le esperaba el equipo de Estados Unidos. Garrincha solo jugó un partido contra Santa Fe e igualmente al final de ese mismo año salen las estrellas brasileñas del equipo pero quedado en la memoria colectiva de la ciudadanía. Finalmente no lo logra después de empatar un partido y perder el otro. Junior queda campeón al no perder ningún partido en el Cuadrangular Final y cosechar 9 puntos, sacándole dos de ventaja al Deportivo Cali que quedó subcampeón con 7 puntos. Conmemorando 10 años y en homenaje a Andrés Escobar se realizó un torneo amistoso Copa Cotton USA-2004 en Medellín, del cual Junior resultó campeón. En este primer torneo después de 13 años de ausencia, Junior termina octavo del torneo con 53 puntos.
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