Justamente, para el Torneo Finalización 2008, camisetas del valencia cf Hernán Darío Bolillo Gómez fue nombrado entrenador de Santa Fe. Debido a ese hecho y una polémica entre el entrenador y el periodista Carlos Antonio Vélez por la posible llegada de Hernán Darío Gómez a dirigir a Santa Fe, el técnico Pecoso dejó su cargo al término del torneo. Nómina subcampeona Torneo Apertura 2005: Luis Neco Martínez, Nelson Rolo Flórez, Nelson Olveira, Francisco Nájera, Francisco Pacho Delgado, Juan Carlos Ramírez, Carlos Ganiza Ortiz, Aldo Leao Ramírez, Mario Gómez, Luis Yanes, Víctor Cortés. Durante el Torneo Apertura 2010, después de dejar al equipo en sexta posición con 30 puntos y sin posibilidad de clasificar a las semifinales del campeonato, que en ese momento había sufrido una reestructuración en el formato de clasificación, debido a la disputa en el mes de junio de la Copa Mundial de Fútbol de ese año. Luego de consagrarse campeón por sexta vez, en 1975, las campañas del equipo Albirrojo se tornaron irregulares.
El primer rival en este torneo fue el Deportivo Táchira de Venezuela con el que igualó 2-2 de visitante y lo venció por 3-0 en el juego de vuelta en Bogotá. Santa Fe comenzó la temporada 2006 clasificando a la fase de grupos de la Copa Libertadores 2006, luego de empatar sus dos juegos contra el Defensor Sporting de Uruguay, pero gracias a sus anotaciones como visitante en el empate 2-2 en Montevideo, y la paridad 0-0 en Bogotá, el equipo bogotano se logra ubicar en el grupo 2 de la copa. El equipo «che» participó en la primera Liga, en la temporada 1928/29, quedando encuadrado en la Segunda División después de ser eliminado por el Racing de Santander que de esta forma y tras eliminar de igual manera a Betis y Sevilla FC pasó directamente a formar parte de la Primera División. Tras eliminar al Real Betis en semifinales, el club se clasificaba para la final de la Copa del Rey tras once años sin disputar ninguna final. Torneo Apertura 2002) como segundo en la tabla general del Torneo Apertura, cuando Santa Fe disputó el cupo a la final frente a Envigado F.C., Atlético Huila y Once Caldas en el cuadrangular B. Después de vencer como local al Huila y como visitante al Caldas, Santa Fe se jugó la clasificación a la final en Bogotá enfrentando a Envigado, en un choque que perdió 2:0. En su visita al equipo antioqueño logró reponerse y con gol de Luis Yanes lo venció 1-0 en los últimos minutos del partido.
En el Finalización estuvo dentro de los ocho primeros hasta la última fecha, cuando cayó de visitante ante el Once Caldas por 0-2, por lo que quedó noveno con 32 puntos, los mismos que Atlético Nacional, pero con menor diferencia de gol, quedando afuera de los cuadrangulares de ese torneo. Ya en el cuadrangular A, Santa Fe debió medirse con Deportes Tolima, Atlético Huila y La Equidad respectivamente, perdiendo al final de esta fase la opción de disputar una nueva final en el fútbol colombiano, al caer como local en el último partido 1-0 con al Deportes Tolima, (posterior subcampeón del Torneo Finalización 2010), dejando al club bogotano segundo en su grupo con 10 puntos, uno menos que los de Ibagué. En el Torneo Finalización 2007 Pedro Sarmiento es licenciado del cargo en la novena fecha, luego de cuatro partidos sin victorias. En el Torneo Apertura 2003 culminó en el puesto 16, mientras que en el Torneo Finalización 2003 apenas es 13.º, cerrando el año en la posición 15° en la reclasificación con 42 puntos. Después de analizarlas en estudio, hemos puesto a prueba las nuevas Predator en el terreno de juego para contarte todas las sensaciones que nos han dejado estas botas.