↑ Según las estimaciones de la IFFHS los madrileños se quedarían en sesenta y dos dado que argumentan que los primeros torneos de Copa no fueron organizados por la federación nacional -ya que ésta aún no existía- por lo que carecerían de validez, pese a que la propia Real Federación Española de Fútbol sí les dio validez una vez instaurada. Pese a que el equipo logra ganar cinco de los ocho partidos, los 18 puntos obtenidos en la primera fase fueron una losa imposible de compensar, jugándose la permanencia en la última jornada sin depender de sí mismo ante el Yeclano Deportivo, paradójicamente ante el sucesor del equipo ante el que se logró el ascenso a Segunda División en 1992. De esta manera, el Marbella perdía otra categoría y el objetivo de la temporada de ascender a Segunda División se convirtió en un doble descenso hasta la 3.ª RFEF, donde se enfrentará nuevamente a equipos de la provincia cercanos, como la UD San Pedro, poniendo punto final a la peor temporada de la entidad en toda su historia. Para este premio, solo se consideran equipos que pasan a la segunda ronda.
En estos playoff, el equipo caería eliminado en la primera ronda ante la Peña Deportiva por 0-2, finalizando el sueño del ascenso en esta temporada. El 18 de octubre de 2008 disputó el primer partido de un equipo de la Liga ACB en pista de un rival NBA, el Staples Center de Los Ángeles ante Los Angeles Lakers. Pese a que el equipo esta en las primeras jornadas en la zona media de la clasificación, el equipo comienza a escalar puestos llegando a estar en 1.ª posición durante varias semanas. En la temporada 2015/2016, el equipo comienza la temporada igual que la anterior, consiguiendo puntuar las 7 primeras jornadas, logrando estar en 7.ª posición con 11 puntos. En la temporada 2010/2011 con un presupuesto inferior con respecto al año anterior, se apuesta por una plantilla con muchos jugadores de Marbella y localidades cercanas, bajo el mando de Adrián Cervera. Sin embargo, Fernando Estévez decide no continuar como técnico y se apuesta por su segundo, Rafa Padilla, el cual es destituido en diciembre, debido a que el equipo estaba en puestos de descenso a Tercera División.
En julio de 2019, es nombrado Director Técnico del Comité Andaluz de Árbitros de la Real Federación Andaluza de Fútbol. En la segunda eliminatoria el conjunto marbellí cayó derrotado ante el Real Madrid C. En la ida la UD Marbella empezó metiendo un gol, terminando el partido con el resultado de 1-2 a favor de los madrileños. El equipo finaliza la campaña en tercera posición, lo que le permitió disputar el playoff territorial ante la U.D.Almería «B», equipo con el que caería eliminado en la prórroga en la primera ronda eliminatoria del playoff celebrado en Estepona, haciendo que el equipo tenga que disputar la siguiente temporada en Tercera Federación, lo que provocó el cese de Abraham García como entrenador. En la temporada 2011/2012 la UD Marbella finaliza el campeonato en la tercera plaza de la clasificación, jugando la fase de ascenso de Segunda División B. Donde pasó la primera ronda eliminando al C.D.Mairena (Ida 3-1 Nuevo Estadio del Alcor) (Vuelta 2-0 en el Estadio Municipal) al remontar una eliminatoria que se le había puesto muy cuesta arriba con goles del delantero argentino Pibe. La temporada 2012/2013 la UD Marbella arranca manteniendo a Adrián Cervera en el banquillo, pero con un presupuesto más ajustado que en las dos temporadas anteriores en la Tercera División.
Este puesto acarrea la pérdida de la categoría además de cerrar un ciclo de siete temporadas consecutivas instalados en la división de bronce y desciende a Tercera División. Tras 6 temporadas en Segunda división B (Actual Primera RFEF) asciende a Segunda División, camisetas futbol como número 1 de España en la temporada 2006/2007 tras dirigir el partido de promoción de ascenso entre los equipos Hércules C.F. En las temporadas 2001, 2002 y 2004 se instauró el Torneo Clasificatorio el cual clasificaba equipos a la definición del campeonato (Torneos Apertura y Clausura). Hacía tiempo que lo equipos venían demandando un organismo regulador que se viera en la tarea de arbitrar los torneos, con el objetivo añadido de enviar un representante del archipiélago al Campeonato de España de Copa de manera legítima. Los cuatro últimos equipos descienden a Regional Preferente. Finalmente, es destituido el entrenador y se apuesta por un exjugador del Club Atlético de Marbella, Loren Morón.
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